Для FreeBSD:
find ./каталог -type f -exec md5 -r {} \; | sort > files.md5
Для Linux:
find ./каталог -type f -exec md5sum {} \; | sort > files.md5
Для Windows использую Total Commander -> Файл -> Посчитать CRC-суммы
После серяем полученные файлы:
diff -r -y -W 70 old_files.md5 new_files.md5